1、科属不同：甲鱼也叫作鳖，是龟鳖目鳖科软壳水生龟的统称。而乌龟隶属于龟科、乌龟属的一种。有时特指乌龟别称金龟、草龟、泥龟和山龟等。在动物分类学上隶属于爬行纲、龟鳖目、龟科，是常见的龟鳖目动物之一。
2、外观不同：甲鱼外形呈椭圆形，比乌龟更扁平，背腹甲上着生柔软的外膜，周围是细腻的裙边，头颈和四肢可以伸缩，肢各生五爪。从外形颜色观察，甲鱼通常背脊和四肢呈暗绿色，有的背面浅褐色，腹面白里透红。没有乌龟般的条纹，也较乌龟为软。乌龟的壳很坚硬，而且背部长有十三瓣的花纹纹路;甲鱼壳相较来说较软，而且边缘是肉肉的软壳，壳面没有纹路，比较光滑，整体呈现深绿色（有的是黑绿色）。
3、特征不同：甲鱼（鳖）是有牙齿的，而且颈部可以延伸得很长，但是四肢不能缩进壳里