1、柯南第黑暗组织的秘密（大结局）：在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自己和柯南的照片垂泪。
2、由于案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道柯南是新一而故意不说破的真相。夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自己和柯南的照片垂泪。
3、背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及柯南的协助下几次阻止了其活动，黑暗组织决定报复。