1、死于天花。
2、民间说法：同治帝喜欢皇后。而慈禧太后要同治帝多接近慧妃。心烦的他，由太监导淫，到宫外寻花问柳，引起性病。慈禧太后误作天花来治，最后病死。这个说法应该没什么根据，当时的皇帝是不允许随便出宫的。
3、官方说法：根据相关史料，时人笔记记载，多数史学家认同同治帝死于天花。同治帝死后葬河北昌瑞山惠陵，庙号穆宗。皇帝每天接触的人并不多，感染流行病的机会微乎其微。这么微小的机会，竟然给他碰上了。
4、据《桃花圣解庵日记》同治十三年甲戌十二月五日记载：同治帝嘻戏游宴，耽溺男宠，日就裸瘠，旋患痈，项腹各一，皆浓溃，日未昏，殆不知人。
5、同治的病情和死因，从《万岁爷进药底簿》中详细记录了，自同治十三年十月三十日未刻载淳