1、盖板不适用所有座便器。虽然座便器盖集智能、人性化、科技感、设计感于一身，但并不是所有的座便器都适用。目前主流智能座便器盖产品均面向圆弧形座便器，而与方形座便器配套的盖板比较罕见。其次，智能座便器盖对水箱到便座前端距离、安装孔间距离等具有限制，如果消费者家用的尺寸超出了所允许的区间范围，则无法顺利安装智能座便器盖，这意味着要么更换座便器、要么无法使用。
2、费用高。智能座便器盖作为电器产品，其内部电机和集成电路等具有较高的科技含量，因此前期一次性投入成本较高，出售价格相对较高。另外超出了保修期限的智能座便器盖，一旦出现问题则意味着消费者要自费进行修理，如果产品需要更换核心部件，也意味着一笔不菲的支出。
3、老人、儿童难操作。智能座便器盖的一侧