1、颁布机构不同：卫食健字是国家卫生部及以前的批准号，卫生部对审查合格的保健食品发给《保健食品批准证书》，获得批准证书的保健食品允许使用卫生部规定的保健食品标志。国食健字由国家食品药品监督管理局批准的产品批准文号，保健食品的质量标准由国家质量监督检验检疫总局颁布。
2、格式不同：卫食健字格式有：国产保健品批号格式是：卫食健字（年号）第××××号。进口保健品批号格式是：卫食健进字（年号）第××××号两种。国食健字格式有：国产保健品批号格式为：国食健字G+年代号+顺序号，进口保健品批号格式为：国食健字J+年代号+顺序号两种。
3、有效性不同：自国家成立食品药品管理监督局后，卫食健字号一律要重新审批转为国食品健字号。国家食品药品监督管理局对保健食品生