1、（一）“人种更替说”：认为在日本列岛曾发生一次乃至两次人种更替。如在纪代，解削学家小金井良精认为，在绳纹时代生活于日本列岛的原住民是阿伊努入，绳纹时代后他们被大陆来的其他人种驱赶往北方。
2、（二）“混血说”：认为“原日本人”（旧石器时代的日本人）在绳纹时代之后，与大陆或南洋诸岛移居来的其他人种混血，逐渐形成现代日本人。医学家清野谦次首先提出“混血说”，直至纪代，仍为学界主流。
3、（三）“演变说”（或称“连续说”）：认为绳纹时代的日本人由于生活方式的变化，其体质逐渐演变，成为弥生时代人、古坟时代人乃至现代日本人。它更为重视人种的继承性，既不赞同“人种更替说”，也不大重视混血对日本民族构成的影响。二战后，东京大学人类学研究室的长谷部言人和铃