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多模态测序从少量冷冻肿瘤标本中获得高质量结果

导读 哥伦比亚工程学院和哥伦比亚大学欧文医学中心的研究人员发明了一种新的 RNA 测序方法,可以从少量冷冻肿瘤标本中获得高质量的结果。他们

哥伦比亚工程学院和哥伦比亚大学欧文医学中心的研究人员发明了一种新的 RNA 测序方法,可以从少量冷冻肿瘤标本中获得高质量的结果。他们在两项临床研究中展示了他们的技术的成功,这些研究分析了数十个肿瘤样本,包括存档的和新收集的样本,以了解它们对抗肿瘤治疗的反应。该论文于 2023 年 1 月 9 日由Nature Genetics发表。

在过去十年中,使用 RNA 测序以单细胞分辨率测量基因表达一直是研究癌组织最具变革性的工具之一。通过检查单个细胞的 RNA,研究人员可以更好地了解肿瘤内细胞的多样性,以及这些肿瘤细胞如何生长以及如何与免疫细胞相互作用。这些是了解癌症进展的标志和癌症对治疗的抵抗力的重要因素——这两者都是开发新的癌症治疗方法的关键。

在传统临床工作流程中广泛采用单细胞 RNA 测序的一个主要障碍是所需的新鲜组织的体积——远远超过为临床目的常规收集的组织。对新鲜组织的需求意味着一旦收集到样本就必须立即进行分析。这些要求极大地限制了可以对患者样本进行的科学分析。

成功的新技术

哥伦比亚团队专注于克服这些障碍,创造了一种新的测序方法,可以从少量冷冻肿瘤标本中获得最佳结果。通常在临床试验期间收集并储存在生物库中,这些标本可能包括来自罕见癌症和具有独特病史或风险因素的患者的组织。新技术对这些类型的标本进行测序的能力极大地增加了可用于科学分析的肿瘤样本的数量和种类。

“我们对这项工作及其潜力感到非常兴奋,”欧文癌症动力学研究所生物医学工程助理教授、赫伯特和佛罗伦萨欧文癌症数据研究助理教授 Elham Azizi 说,他与本杰明伊扎尔共同监督了这项研究,赫伯特欧文综合癌症中心医学助理教授。

“利用冷冻样本开展工作的能力为多机构合作打开了大门,这将推动生物标志物和药物靶标的发现。它还让我们有机会应用尖端计算技术来分析和整合未锁定的临床数据”阿齐兹解释道。

Izar 补充说:“而且因为我们的方法只需要少量的组织,所以样本的剩余部分可用于其他研究。这对研究人员、临床医生以及最重要的是我们的患者来说确实是双赢的。”

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